Dne 6. března 1645 se u Jankova setkala dvě vojska vedená zkušenými generály. Melchior von Hatzfeld byl povolán ze svého hlavního operačního prostoru ve Slezsku, aby velel narychlo složené císařské armádě skládající se rovněž z bavorských a saských oddílů. Lennart Torstensson postupoval se švédskou armádou z dánského tažení zpět do habsburských dědičných zemí. Cílem se stala Vídeň, která v té době byla navíc postižena jednou z morových ran a císař Ferdinand III. proto musel vládnout ze svého druhého sídelního města, Prahy.
Torstensson se svým sborem přešel v únoru 1645 Krušné hory a pochodoval do jižních Čech. Hetzfeldův plán tkvěl ve vytlačení nepřítele ze země, a proto až na několik drobných potyček, například u Horažďovic na přechodu řeky Otavy, nedošlo k závažnějším operacím. K bitvě se Hatzfeld odvážil teprve po přímém císařově rozkazu. Poblíž středočeského Jankova v oblasti známé jako Česká Sibiř zaujal výhodné postavení na vrchu Skrýšov, odkud mohl monitorovat celé zamýšlené bojiště. Podle plánu měl nepřítel na Hatzfeldova postavení stoupat do nevysokého, ale táhlého návrší, které by skvěle posloužilo dělostřelectvu k rozstřílení protivníka ve volném terénu. Téměř se zdá, že císařský vojevůdce zamýšlel užití stejné taktiky, jaká byla provedena v bitvě u Nördlingenu v roce 1634.
Z protilehlého návrší Džbány však Torstensson objevil chybu v Hatzfeldově plánu. Tím byla cesta údolím podél rybníků dnes známých jako Roháč, Tobolka, Jarkovec, Vražedný a Královna. Zamrzlá zimní krajina takový postup umožňovala. Došlo tak k nevídanému manévru, kdy se celé švédské armádě podařilo natočení o 90° a zrychleným pochodem obešla císařské pozice až k vrchovině Hartmany. Nejednotná Hatzfeldova armáda, jejíž velitelé odmítali vstoupit do bitvy, zareagovala až příliš pozdě na švédský risk. Jejich primární bojiště byla vzdálená i několik set kilometrů od Jankova, navíc například u bavorské generality se již v této době projevovala nechuť poslouchat císařského generála a jeho rozkazy. Výjimkou se stal Johann von Götz, který se svou bavorskou jízdou zaútočil postupujícím Švédům do zad. Jeho jízda se probojovala až do oblasti dnešního rybníka Vražedný, kde byl Götz zabit.
Klíčovým se stalo návrší Hartmany, kde celé dopoledne a část poledne probíhal krutý boj. V pozdější relaci královně Kristině švédský vojevůdce chválil své vojáky a dokázal ocenit i nepřítele, který kladl tuhý odpor. Boj byl zprvu nerozhodný. Postupem času ale švédská strana získala vrchol a začala císařské sbory zatlačovat do výchozích pozic zhruba do oblasti dnešního pietního místa. Labutí písní odporu císařských byl jízdní výpad do švédského trénu. Tento útok dle dostupných pramenů měl vést Johann von Werth, jehož jízda sice dokázala na čas zajistit dokonce Torstenssonovu manželku Beatu de la Gardie, nicméně se více než boji začala oddávat plundrování. Její odražení byla jen otázka času. Po tomto okamžiku se šiky císařských rozpadly definitivně. Sám Hatzfeld byl raněn a jeho kůň padl vysílením. Když byl nepřítelem zajištěn, je pravděpodobné, že mu kord a kůň pro čestnou kapitulaci byl zapůjčen nepřítelem. Spolu s dalšími zajatci byl internován v Jihlavě, kde zůstal až do ústupu Švédů po neúspěšném obléhání Brna.
Dnes přesně nevíme, kolik u Jankova padlo mužů. Střídmější odhady pracují s pěti až osmi tisíci. Velká část z nich je do dnes pohřbena v místech svého skonu v masových hrobech. Mezi padlými byl například i adoptovaný syn Octavia Piccolominiho Giuseppe nebo již jmenovaný Johann von Götz, slavný jako „Kec od Jankova“. Štěstí zde ale měl například budoucí švédský král Karel Gustav, o němž je známé, že byl zde minimálně pětkrát postřelen, nicméně ani jednou smrtelně.
Po bitvě následovalo v zemích Koruny české všeobecné zděšení. Švédské vítězství bylo triumfem, císařská porážka téměř definitivní. Pochodu na Vídeň a symbolickému vítězství Lennarta Torstenssona mohl zabránit jen zázrak. A ten se stal na hradbách pevnosti Špilberku v Brně. Nicméně bitva u Jankova byla výrazným mezníkem při jednání o všeobecném míru ve Vestfálských městech Münsteru a Osnabrücku. Švédská velmocenská politika nastartovaná Gustavem II. Adolfem a živená Axelem Oxenstiernou o získání nadvlády na Baltském a Severním moři byla o výrazný krok blíže ke svému cíli.